Établi à Montréal, Canada, le CAEQ est régi par un directoire de neuf membres. Il est aussi composé d'un comité d'accréditation de sept experts et compte un effectif de cinq employés pour répondre aux besoins et aux demandes des organismes de certification.
Le Directoire du CAEQ (Le “Conseil”) est le gardien des référentiels, règlements, et politiques qui régissent les activités de l’organisme. Il revoit et adopte les normes techniques élaborées par le Comité d’accréditation ou la direction du CAEQ, à propos des règlements d’application concernant le processus d’accréditation, les critères et les politiques qui en découlent. Il reçoit les rapports et les recommandations des comités techniques, dont celles relatives à l’accréditation des organismes de certification inscrits au programme d’accréditation du CAEQ, telles que soumises par le Comité d’accréditation. Il prend les décisions relative à l’octroi, à l’extension et au renouvellement de l’accréditation. Il décide également de la réduction, de la suspension ou du retrait de l’accréditation
Le Directoire est composé de membres d'une part représentant les divers secteurs du domaine de l’agriculture et de l’agroalimentaire et d'autre part siégeant au Conseil des appellations réservées et des termes valorisants. Ceux-ci sont nommés conformément à la procédure prévue à l'article 12 de la Loi sur les appellations réservées et les termes valorisants. À l’exception du président-directeur général, le mandat de chacun d’entre eux est d’une durée de deux ans et est renouvelable. L’information entre parenthèses indique le secteur duquel provient chaque membre.
Le Conseil est formé des personnes suivantes :
Les recommandations du CAEQ à des autorités administratives sont le résultat de décisions prises par le Comité d’accréditation, qui est composé des personnes suivantes :
Les personnes faisant partie du secrétariat du CAEQ sont les suivantes :
*Ces personnes ont le statut d’auditeur principal.